微波蛋白粉杀菌设备的三种杀菌工艺：微波杀菌工艺时间大大短于传统加热杀菌时间，它使食品内部和外部同时均匀加热，一般不需要食品达到杀菌温度所需的预热时间，而且微波杀菌的因素不仅仅是热力单方面的因素，还有非热效应。
因此，根据微波杀菌不同于传统加热杀菌的特点，可采用以下杀菌工艺：
1.微波间歇辐照日本赤星教授曾用脉冲式微波辐照食品，取得了较理想的杀菌效果；脉冲式是指短时间产生较强微波电场间歇地作用于食品，使食品吸收微波能量后温度升高，但由于是瞬间的高能量，食品升温变化并不大，从而大大提高了杀菌效果。
2.微波连续辐照为弥补微波间歇辐照的缺陷，可使用较低场强，适当延长微波辐照时间的连续性微波辐照杀菌工艺。
3.微波多次快速辐照和冷却这种杀菌工艺的目的，旨在快速改变微生物的生态环境温度并且多次进行微波辐照杀菌，从而避免让物料长时间连续地处于高温状态，为保持物料的色、香、味及营养万分提供有利条件，该工艺适合对温度感的液体杀菌，
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